Медаль «За боевые заслуги» учреждена Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 октября 1938 года, который впоследствии неоднократно дополнялся другими нормативными документами. Вместе с медалью «За отвагу» она стала одной из первых советских наград. Автор рисунка медали — художник С.И. Дмитриев.
Медаль «За боевые заслуги» учреждена для награждения за активное содействие успеху боевых действий, укрепление боевой готовности войск. Медалью «За боевые заслуги» было произведено 5 210 078 награждений.
Самым юным кавалером медали стал шестилетний воспитанник полка Сережа Алешков, который спас в бою командира. Летом 1941 года к награде был представлен 15-летний Женя Нефедов, принимавший участие в тушении зажигательных бомб, которые немецкие бомбардировщики сбрасывали на жилые кварталы Москвы. Медаль он получил в Кремле из рук председателя Президиума Верховного Совета СССР Михаила Калинина. Награды был удостоен и летчик-ас, Герой Советского Союза Михаил Авдеев, который за время во войны сбил 15 вражеских самолетов. В Великую Отечественную войну было произведено свыше трех миллионов награждений, причем многие были награждены неоднократно.